תהליך האבחון מורכב ממספר שלבים:
 

1. מילוי "שאלון מורים" ע"י צוות בית הספר בו התלמיד לומד.
    
2. מילוי "שאלון הורים" ע"י הורי התלמיד.
    
3. פגישה ראשונה בין המאבחן להורים לאחר מילוי השאלונים.
    
4. מספר פגישות עם התלמיד כ-8 שעות סה"כ.
    
5. כתיבת הדו"ח ע"י המאבחן, הכולל: פירוט המבחנים שהועברו, הממצאים, ניתוח ומסקנות, מתן התאמות לדרכי היבחנות לביה"ס ולמבחני הבגרות. בנוסף, המלצות מפורטות לטיפול ולדרכי התערבות.
    
6. פגישת סיכום עם הורי התלמיד וקבלת שני העתקים מהדו"ח.
    
7. פגישת סיכום עם התלמיד כולל לימוד אסטרטגיות למידה.
    
8. פגישה בין המאבחן לבין צוות ביה"ס הכולל יועצת ומחנכת, במטרה לבנות תכנית התערבות יישומית התואמת את התנאים של ביה"ס ואת כישוריו וכוחותיו של התלמיד.
    
9. פגישה בין המאבחן למורה להוראה מתקנת, במטרה למקד את הטיפול ולבנות תכנית התערבות מותאמת לתלמיד.
    
10. פגישת מעקב לאחר כ-חצי שנה, על מנת לעדכן ולשנות את המטרות והיעדים של תכנית ההתערבות, בהתאם להתקדמותו של התלמיד.